A fundação se deu a 8 de março de 2005, para promover a cidade natal que não tinha nenhum representante na elite do futebol carioca. Em sua estréia no futebol profissonal, a equipe foi derrotada pelo Condor Atlético Clube no estádio Estádio Nielsen Louzada, em Mesquita. Neste mesmo ano, o Duque de Caxias disputou sua primeira competição oficial, a Copa Rio, terminando na 6ª colocação.

No ano seguinte, o Duque de Caxias conseguiu a vaga para a disputa da Segunda Divisão do Campeonato Carioca, depois de ser campeão invicto da seletiva que dava vagas na competição. No mesmo ano, disputou a Segunda Divisão, onde chegou à fase final. Entretanto, não conseguiu o acesso à Primeira Divisão, pois ficou em 6º lugar.

No ano de 2007, a equipe disputou a Copa Rio no primeiro semestre. Fez uma excelente campanha, terminando na 6ª posição, que mais tarde lhe daria a vaga para o Campeonato Brasileiro Série C de 2008. No segundo semestre de 2007, o Duque de Caxias disputou a Segunda Divisão Carioca. A equipe terminou a competição em 5º lugar. Como nesse ano as cinco melhores equipes subiam para a primeira divisão, pois a FFERJ desejava que o Campeonato Carioca fosse aumentado para dezesseis times, a equipe garantiu o acesso inédito à elite do futebol carioca.

Em 2008, o Duque de Caxias estreou no Campeonato Carioca de Primeira Divisão. A primeira partida foi memorável, vitória por 5x2 no América Football Club, na casa do adversário. A equipe caxiense terminou em 12º lugar, assegurando a última vaga para a Copa Rio de 2009. No segundo semestre, a equipe disputou a Copa Rio com um time muito desfalcado, e terminou em 6º lugar. Com a desistência da Associação Desportiva Cabofriense, que disputaria a Série C do Campeonato Brasileiro por ter sido vice-campeã da Copa Rio de 2007, e, ainda com com a recusa também de Bangu Atlético Clube, Nova Iguaçu Futebol Clube e Olaria Atlético Clube (3º, 4º, e 5º lugares respectivamente), o Duque de Caxias ganha a vaga para o Série C do Campeonato Brasileiro de 2008. Com a vitória de 2x0 sobre o América Mineiro, na última fase, no Marrentão, a equipe já havia garantido presença na Série C de 2009. Entretanto, o Duque almejou passos mais largos, e ficou em 4º lugar na classificação geral na competição, garantindo assim a inédita vaga para o Campeonato Brasileiro da Série B de 2009.

Em 2009, no primeiro semestre, o Duque de Caxias disputou o Campeonato Carioca, quando estreou contra o seu maior rival, o Esporte Clube Tigres do Brasil. A campanha foi irregular, terminando o clube na 13ª colocação. A equipe atualmente disputa a Série B, Segunda Divisão, do Campeonato Brasileiro.

O clube é ligado ao ex-prefeito de Duque de Caxias, Washington Reis de Oliveira, que é o seu presidente de honra, e que tem base eleitoral em Xerém, local onde está sediada a agremiação. É presidido por Luiz Carlos Areas.